とゆうワケで朝から学校の部活に行く時も帰ってきてからも、片時もナノを離さないお嬢様ですが、夕食が終わってワタシがくつろいでるところに「ねえねえ、ようつべで落としたヤツの音だけ取り出せないかなあ？ナノに入れたいんやけど・・・」と来たもんだ。「えへへ、おいさんのデカイのならようつべの動画そのまんま入るんだが、チミのは音しか入らへんのか？」とか、「ワタシ、映像なんか要らんもんっ！！！」とかのやりとりがありつつもワタシがFLV Online Converterの存在を教えてあげて、ナニをこうして、こうやったら出来るからねとやってみたまでは良かったのだけど、出来上がったmp3ファイルをiTunesに取り込んでみると、オリジナルのflv動画は4分ほどの尺だったのがiTunesの中では30分とか表示されてる。そこで、結果は同じと予測はできたけど、ワタシが自分のPBG4DVIを使って同サイトで7分程度の動画からmp3を抜き出してiTunesに取り込んでみたところ、これまた1時間とか、とんでもない時間が表示されてる。ファイルのサイズもオリジナル動画の尺から見て妥当なサイズだし、実際に音を聞いてみてもおかしいところはないから、「このようにして変換したファイルに限りiTunesの中で時間の表示だけがおかしくなるもの」と納得すれば良いようなものだが、それじゃあ気が済まなかったワタシは、ものは試しとそいつをiTunesの「詳細」メニューから「選択項目をAACに変換」としてみたところ正しい時間表示になったので、今日はこの辺で勘弁してやろかと。（あの時間表示のワケは分からないままですが）
flvを直接とはいかないですが、（QuickTime movieとして）ダウンロードしたYouTubeのファイルを変換してくれるソフトがありますよ。movie conversion toolsというものです。まぁ、iTunesを通して変換しているようなので、上で試された方法と同じと言えば同じなんですが、知っていても損はないかと思います。
私もまったく同じ問題（変換サイトも同じです）で悩んでいましたので、解決方法（迂回路？）を示していただいて本当にありがとうございました！ 感動しています！
私の場合、10分間のflvファイルが1時間20分の再生時間になっていました。再生するには何も問題ないのですが、座り心地が悪いのでどうにかしたいとググっていたところ、この記事にたどり着きました。
これで何も気にすることなく、思う存分に、とかちラーメンを堪能することができます。ありがとうございました！